در پی اصرار و سوالات چند تن از طلاب حاضر در گردهمایی بزرگ مبلغان ویژه ماه محرم درسالن اجتماعات مدرسه فیضیه قم هنگام حضور رییس دستگاه قضایی، وی با بیان برخی درددلهای خود، از جوسازیهای جهت دار و شب نامه ها علیه این قوه انتقاد کرد.
 آیت‌الله هاشمی شاهرودی روز پنج شنبه در پاسخ به اعتراض چند طلبه درباره چگونگی بررسی پرونده موسویان و شهرام جزایری اظهار داشت‏:‏ اطلاعات خود را از شب‌نامه ها نگیرید‏.‏
وی با اشاره به اینکه مدیران فعلی وقبلی این قوه بهترین خدمات را انجام داده اند، افزود‏:‏ در دولت پیشین بحث اصلاح طلبان و روزنامه ها و قتل های زنجیره ای مطرح بود و در این دولت نیز مشکلات به گونه ای دیگر وجود دارد. در دولت قبلی می گفتند روزنامه ها را کیلویی بسته اند والان هم در مورد پرونده موسویان چیزهای دیگری مطرح می شود که هیچ کدام درست نیست‏.‏ مگر مشکل نظام ما اینست که آقای موسویان چه کسی هست یا نیست؟
رییس قوه قضاییه با بیان اینکه مشکل نظام جمهوری اسلامی ایران پرونده موسویان نیست ، گفت‏:‏ دعوای شخصی ‏2 ‏نفر را نباید به رخ نظام کشید‏.‏ مسایل مهم وارزشمند کشور را قربانی مسایل جزیی، شخصی وگروهی نکنید‏.‏
وی درباره پرونده شهرام جزایری ، گفت ‏:‏ چرا به قوه قضاییه اعتراض می کنید، این قوه که تمام اموال او را پس گرفت و جزایری را زندانی کرد. 6 سال در زندان پدرش در آمده و مادرش سکته کرده و همسرش از وی جدا شده است. آیت‌الله شاهرودی افزود‏:‏ بروید به وزارت امور اقتصادی و دارایی که به وی وام داده ونمایندگانی که از وی پول گرفته اند ، اعتراض کنید‏.‏
وی با بیان اینکه این انقلاب، انقلاب علما، فقها وحوزه های علمیه است، گفت‏:‏ علما پدری کرده وتنش زدایی کنند چرا که این نظام ارزش دارد و وحدت جریان های سیاسی درعظمت بخشیدن به این نظام موثراست وبه طور حتم ضریب و نتایج کار افزایش می یابد‏.‏
رییس قوه قضاییه تاکید کرد‏:‏ نظام جمهوری اسلامی ایران به دستاوردهای بزرگی دست یافته و در بخش قوه قضاییه روسای قضایی ‏50‏ کشور اسلامی که از شخصیت های برجسته علمی جهان اسلام هستند به این امر اذعان داشتند‏.‏
وی در پاسخ به اعتراض یکی از طلاب درباره عدم پذیرش علما در دستگاه قضایی اظهار کرد: شما این حرف ها را از شبنامه ها اعلام می کنید ما در سال های اخیر 200 نفر از طلاب فاضل را وارد دستگاه قضایی کرده ایم، آنها گزینش شدند و دوره های کارآموزی را پشت سر گذراندند.
شما به اسم مردم مشکلات را مطرح نکنید.
وی همچنین اظهار داشت: البته ما در اقدامات خود به کمال نرسیده ایم و بخصوص در استفاده از تکنیک های روز دارای نواقص هستیم. وی ادامه داد: سیاست های قوه قضائیه باید در حوزه های علمیه مطرح شده و مورد بحث و بررسی قرار گیرد.
در پایان سخنان آیت الله شاهرودی برخی از طلاب خواستار این بودند که وی بجای سخنرانی درباره تبلیغ در رابطه با مسایل مطرح قوه قضاییه صحبت کرده و پرسش های طلاب را در این زمینه پاسخ دهد‏.‏ آیت الله شاهرودی نیز اعلام کرد که حاضر است در جلسه ای جداگانه به همه سوال های طلاب پاسخ دهد‏.